福建醫(yī)科大學(xué)圖書館現(xiàn)由三部分組成:尚潔校區(qū)圖書館、臺江校區(qū)圖書館、四所附屬醫(yī)院(第一附屬醫(yī)院、第二附屬醫(yī)院、協(xié)和附屬醫(yī)院、口腔附屬醫(yī)院)的分館,總建筑面積28000平方米,藏書150萬冊。其中,792,000件為紙質(zhì)收藏,958,000件為數(shù)字收藏。以現(xiàn)代醫(yī)學(xué)和生物學(xué)為主要學(xué)科,人文社會科學(xué)為輔助學(xué)科,形成了具有自身特色的收藏體系。福建醫(yī)科大學(xué)圖書館內(nèi)部管理機構(gòu)設(shè)有辦公室、采編部門、流通部門、期刊檢索部門、技術(shù)部門、醫(yī)學(xué)文獻檢索教研室、影像技術(shù)部門等部門。圖書館為所有讀者(包括附屬醫(yī)院的讀者)提供數(shù)字文檔
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